Последните денови на Крсте Мисирков се посебно трагични. Откако му се слошило, бил примен во болницата на д-р Палчев во Софија, но состојбата и понатаму се влошувала, па затоа со помошта на проф. д-р Стојанов преместен е во Александровата болница, сега Интерна клиника на Медицинскиот факултет во Софија.
Според спомените на неговата сопруга Екатерина, шест недели Крсте е лекуван без точно утврдена дијагноза, односно со претпоставка дека е менингит или енцефалит. По шест недели болки и повремени бесвестици, на 26 јули 1926 година Крсте Петков Мисирков умира во Александровата болница. Подоцна е утврдено дека умрел од тумор во мозокот. Мртов цел ден лежел во креветот: до него е само сопругата. Немало кој да го пренесе во мртовечницата, а сопругата немала пари за погреб.
Свеќите што ги запалила и ги донеле милосрдни сестри. Болницата понудила да го остават телото за секцирање, но Екатерина и синот Сергеј одбиле. До гробот за сиромашни во софиските гробишта го испратиле само десеттина души.
Со правнукот Борис Мисирков своевремено разговараше Блаже Миневски во неговото продукциско студио “Агит-проп” во Софија. Тој има завршено филмска академија во Бугарија и специјализација за кинематографија во Бенетон, Италија. Освен со филмска продукција, Борис се бави и со фотографија. Досега има направено свои самостојни изложби во Виена, Грац, Минхен и Хјустон, а во тоа време веќе неколку годинини работеше и на филм посветен на неговиот прадедо Крсте Петков Мисирков.
Еве како Миневски некаде во срединатата на првата декада од овј милениум ја забележа средбата со Борис:
„Момчето зборува тивко и постојано следи дали кажал доволно или треба да додаде уште нешто. Со оглед на тоа што неодамна повторно беше покрената иницијатива за пренесување на моштите на Мисирков од Софија во Скопје, пред да продолжиме со спомените го прашуваме дали знае нешто за таа иницијатива и какво е неговото мислење во врска со тоа:
– Во истиот гроб, на Софиските гробишта, значи на истата парцела 89, ред 17, гроб 4, во 1960 година бил погребан неговиот единствен син Сергеј, мојот дедо. Во 1971 година таму беше погребана и сопругата на Крсте, Екатерина Мисиркова, а пред пет година во тој ист гроб го погребавме и татко ми Борис Мисирков. Знам дека баба Екатерина, по Втората светска војна, има дадено начелна согласност за пренесување на посмртните останки на на Крсте во Македонија, но подоцна нешто се случило и тоа не е реализирано. Истата иницијатива била обновена и подоцна, но, по смртта на дедо ми Сергеј, а потоа и по смртта на сопругата на Крсте, можноста за такво нешто станува речиси невозможна. Татко ми Борис пред десеттина година сосема ја отфрли таа можност, па затоа при последните контакти со една делегација од Скопје, јас само ја пренесов неговата желба да не се чепка гробот на Мисиркови. Впрочем во него сега не почива само Крсте. Од друга страна, освен тој гроб, каде што се сите директни потомци на мојот прадедо, јас немам ништо друго во Софија. Се што имало останато во нашата архива, било предадено во Скопје. Верувајте немам ништо за спомен; сите материјали се кај вас. Мајка ми работи за ООН во Казахстан. Следнава пролет се враќа, и тогаш планираме да направиме убав споменик на гробот во Софиските гробишта. Секој што го почитува Крсте Мисирков, ќе може и тука да му запали свеќа и да му остави цвеќе – вели Борис.“
Барањето на Екатерина за пренесување на останките на Крсте Мисирков во Македонија
