Во ФФМ беа одредени двојките за првите натпревари сезонава во Купот на Македонија. Во оваа фаза ќе се одиграат 15 натпревари, додека Силекс, како освојувач на Купот на Македонија за сезоната 2025/26, е слободен во 1/16-финалето и директно ќе настапи во 1/8-финалето.
ДВОЈКИ – 1/16-ФИНАЛЕ:
Овче Поле Свети Николе – Вардар
Победа Валандово – Струга Трим Лум
Крошу Спорт Битола – Тиквеш 1930
Могила 2023 – Арсими 1973
БВК Коњари – Башкими 1947
Студеничани – Пелистер
Венец Неготино – АП Брера Струмица
Влазними Јуниор – Македонија ЃП 1932
Вардар Неготино – Работнички
Каменица Саса – Шкупи 1927
Тетекс 1953 – Брегалница 2008
Кожуф Гевгелија – Скопје
Детонит Плачковица – Шкендија 77 Арачиново
Новаци 2005 – Охрид Лихнидос
Осогово – Беласица
Натпреварите од 1/16-финалето ќе се одиграат на 1 или 2 септември 2026 година. Исклучок се натпреварите Крошу Спорт Битола – Тиквеш и Могила – Арсими, кои ќе се одиграат на 24 септември, поради учеството на селекција од Битола на квалификациите за УЕФА Регионалниот куп во Босна и Херцеговина.
Екипите домаќини ќе можат натпреварите да ги организираат на стадиони кои се одобрени најмалку за одигрување натпревари од Втора МФЛ.
