На 8 јули 1947 година на седницата на Советот за безбедност на Обединетите нации, тогашниот советски делегат Андреј Громико остро го нападна извештајот на Анкетната комисија за ситуацијата во Грција што беше поднесен на одобрување.

Во предложената противрезолуција на СССР, спрема резолуцијата од САД, се бараше, покрај другото, Владата на Грција да ги преземе сите неопходни мерки за отстранување на секаква дискриминација на Македонците во Егејска Македонија, да им даде можност да го говорат својот мајчин македонски јазик и да ја развиваат својата национална култура.

Истото барање се однесуваше и за албанската националност во Грција.

По завршувањето на Втората светска војна состојбата во Грција била сложена поради недоразбирања во грчката колициска влада и вмешувањето на западните сили во внатрешните работи на Грција. По повлекувањето на германската армија, ЕЛАС дозволила англиските сили да се распоредат во Атина. Во есента 1944 година десните политички партии во владата на Георгиос Папандреу ги принудиле министрите од ЕАМ да поднесат оставки. Набргу потоа главната англиска команда побарала од ЕЛАС да се разоружна, но таквиот предлог бил одбиен од Комунистичката партија на Грција и почнал судир, кој завршил со пораз на ЕЛАС, а договор бил склучен во атинското предградие Варкиза во февруари 1945 година. Според овој договор ЕЛАС требало да се разоружа и да ги растури своите сили. Меѓутоа постигнатиот договор не ја смирил состојбата туку преставувал вовед во Граѓанската војна во Грција.

Грчката влада на чело со генералот Николаос Пластирас започнала со прогон и апсења на сите демократски дејци во Грција, а особено на удар се нашле членовите и симпатизерите на КПГ. Сосотојбата во Егејска Македонија била уште посложена. Таму, грчките владини сили, потпомогнати од англиските вооружени формации, извршиле палења, убиства и силувања низ макеоднските села. Таквата состојба ги принудила Македонците да започнат со организирање на борба против грчките владини и англиски сили. Во 1945 година била создадена македонската организација Народноослободителен фронт (НОФ) кој во текот на целата Граѓанската војна во Грција бил главен претставник на Македонците и нивните барања за решавање на македонското прашање.

Во 1946 година десничарската влада ги фалсификувала изборите и потоа издејствувала враќање на грчкиот крал и возобновување на монархијата во Грција. Овие случување ја потикнале Комунистичката партија на Грција да ја создаде Демократската армија на Грција (ДАГ) и да започне отворена вооружена војна против владата во Атина. Набргу потоа доаѓа до преговори помеѓу ДАГ и НОФ од кој произлегол договорот за организациско потчинување на македонските партизански сили под командата на ДАГ и КПГ.

Во текот на 1947 година ДАГ и македонските сили создале голема слободна територија помеѓу планините Вич и Грамушта (Грамос), Џена, Пајак Планина, Кајмакчалан, Каракамен како и во источниот дел на Егејска Македонија. Успешното дејствување на левичарските и македонските сили ја принудиле десничарската влада да издаде наредба за стационирање на големи владини сили во сите градски центри како и присилно иселување на селското население и нивно смествување по градовите. Целта на оваа мерка е да се ослаби ДАГ која што се снабдувала со борци и храна претежно од селската средина.

Во 1947 година била клучна за исходот на граѓанската војна. САД активно се вклучиле во случувањата во Грција и, согласно тн. Труманова доктрина за спас на капитализмот, дале финансиска и воена помош за грчката влада, а грчките владини сили започнале офанзива. Од друга страна пак главниот секретар на КПГ, Никос Захаријадис направил погрешна проценка дека во 1948 година ДАГ ќе брои 65.000 борци и дека цела Егејска Македонија ќе биде ослободена. Тој влијаел да се напушти герилскиот начин на војување и да се преземе фронтовско војување со владините сили. Кон крајот на 1947 година на слободната територија во Егејскиот дел на Македонија се формирала Привремена демократска влада на Грција на чело со Маркос Вафијадис, во која подоцна имало еден Македонец.

Во 1948 година двете завојувани страни започнале со подготовки за завршување на војната. Грчките владини сили броеле 300.000 војници и биле потпомогнати од 60.000 вооружени цивили, ДАГ имала 45.000 борци кои биле вооружени со лесно пешадиско оружје и биле обучени за герилско војување. ДАГ под влијание на комунистичкото раководство, превенствено на Захаријадис, ја напушта герилската тактика и прифаќа дирекетен судир со владините сили. Поради таквата тактика се случиле неколку битки во кои се покажала надмоќноста на грчката владина арамија, а ДАГ и македонските сили се нашле во тешка положба. Во текот на тешките борби била донесена Резолуцијата на Информбирото за состојбите во КПЈ и Југославија, која што негативно влијаела врз левичарските воени и политички сили во Грција. Захаријадис го искористил овој документ и ги обвинил југословенските раководители дека тие се виновни за тешката положба на левичарските сили во Грција. Поради овој настап на Захаријадис левите сили во Грција ја изгубиле помошта и поддршката од СФРЈ. Захаријадис набргу потоа направил уште една клучна грешка, го отстранил Маркос Вафијадис од сите раководни позиции, а ДАГ останала без еден од своите најдобри воени раководители.

Во 1949 година Демократската армија на Грција под своја контрола ги имала само планинските рени во западните и југозападните делови во Егејска Македонија. Наоѓајќи се во тешка положба, под влијани на Захараијадис, КПГ се обидела под паролата „Обединета Македонија“ да придобие што поголем број Македонци во редовите на ДАГ. Меѓутоа левичарското движење се наоѓало пред катастрофален пораз. Кон крајот на граѓанската војна доаѓа до битките кај Вич и Грамушта во кои ДАГ била поразена, а левичарските раководители и остатоците од нејзините сили биле принудени да се повлечат на територијата на Албанија со што завршила Грчката граѓанска војна.

Во текот на оваа војна загинале 51.000 членови на ДАГ, од нив 21.000 биле Македонци. Во периодот помеѓу 1945 и 1949 година грчките владини сили стрелале околу 6.000 Македонци и Грци, а околу 40.000 грчки граѓани, меѓу кои и голем број на Македoнци, биле интернирани на грчките острови. Околу 90.000 Македонци и Грци биле принудени да емигрираат поради владината репресивна политика. Околу 50.000 Македонци емиграрале во СФРЈ, а околу 20.000 Македонци од Егејска Македонија се населиле во СССР и источноевропските комунистички држави.