Помеѓу двете светски војни во Македонија се изврши најголемиот геноцид врз Македонците од страна на Грција. По Букурешкиот договор од 1913 година и разделувањето на територијата на Македонија, територијата на Егејска Македонија припадна на Грција. Според потпишаната конвенција за таканаречено доброволно исселување на населението помеѓу Грција и Бурија, 86.571 Македонци беа принудени да заминат од Грција во Бугарија.
Според масовноста и карактерот, етничките промени во Егејска Македонија зедоа размери на вистинска политика на етничко чистење на цел еден народ, односно се изврши геноцид врз македонскиот народ.
На овој начин грчката држава ја реализира првата принудна миграција на македонското население од Егејска Македонија. За жал, политиката на етничко чистење на македонскиот народ продолжи и со Лозанскиот мировен договор од 1930-та година, со кој се предвидуваше задолжително исселување на христијаните од Турција. Co тој бран на преселба од Турција во Грција дојдоа еден дел Грци, но и Турци и Ерменци со христијанска вероисповед. Во обратна насока мораа да заминат Турците со муслиманска вера, a co нив и Македонците и Власите од таа вера. Врз основа само на овој договор од Егејска Македонија се исселија 354.000 муслимани.
Паралелно со протерувањето на Македонците од Егејска Македонија, грчката држава, се разбира, спроведуваше и политика на колонизација со цел да се смени традиционалниот етнички состав на населението во тој дел на Македонија. Врз основа на надворешната колонизација беа доселени 565.143 лица, грчко и негрчко христијанско население.
Грчите власти бессрамно воведуваа забрана на употреба на мајчиниот јазик, забрана да се пеат македонски песни, искоренување на сите натписи на славјански јазик во црквите и на надгробните плочи, промена на сите лични и фамилјарни имиња во грчки, преименување на имињата на села, градови, реки и планини, ограничување на вработување во админстрацијата и отпуштање од работа на активисти кои работат за правата на македонското малцинство.
